明朝初期，朱元璋沿用元朝政体、设四部于中书省，分别掌管钱谷、礼仪、刑名、营造等事务。洪武元年，初设六部，各设置尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事等职位。尚书为正三品、侍郎正四品，郎中正五品，员外郎正六品，主事正七品。仍隶属中书省。洪武六年，各部设尚书两名、侍郎两名。吏部设总部、司勋、考功三属部，部设郎中、员外郎各一人，主事各二人。

　　洪武十三年(1380年)，因胡惟庸案，明太祖朱元璋罢黜宰相与中书省，并仿照《周官》六卿之制，直属六部，并各设尚书、侍郎各一名，唯独户部有两名侍郎。每部分四属部，吏部属部加司封。每属部设郎中、员外郎、主事各一人，寻增侍郎一人。

　　洪武二十二年，改总部为选部。洪武二十九年，定为文选、验封、稽勋、考功四司并五部属，皆称清吏司。建文年间，改六部尚书为正一品，设左、右侍中，侍郎为正二品，并除去诸司清吏字。燕王朱棣即位明成祖后，恢复旧制。

　　永乐元年，朱棣以北平为北京，置北京行部尚书二人，侍郎四人，其属置六曹清吏司。吏、户、礼、兵、工五曹，郎中、员外郎、主事各一人。永乐十八年，明成祖迁都北京后，罢免行部及六曹，以六部官属移之北，不再称“行在”。而其留守南京的官员一律加“南京”字(即所谓“南京吏部尚书”等)。

　　洪熙元年，明仁宗打算还都于南京，并恢复置各部官属于南京，去除“南京”两字，而在位于北京的六部官员头衔前加“行在”两字，并设行部。明宣宗即位后，宣德三年，复罢行部。明英宗即位后，与正统六年，在北京六部官员头衔前去“行在”字，于南京仍加“南京”字，之后成为定制。景泰年间，吏部曾经设置两名尚书。天顺初年，恢复定制，改为一名。

　　明成祖靖难之后，决定迁都北京。但依旧保留了南京陪都的地位，并设置吏、户、礼、兵、刑、工六部，称为南京六部，而南直隶的行政由南京六部直接管辖。南京六部为参赞机务或涵养清望的闲职之所，重要性已无关政体本身。

　　南京吏部：考核南京六部与南直隶地区的官吏，并有京察。

　　南京户部：征收南直隶，与浙江、江西、湖广三行省的布税食粮，并管理南直隶地区的户籍。

　　南京礼部：主要负责南直隶祭祀之事，尤其明太祖陵墓孝陵。

　　南京兵部：负责守备南直隶地区，由南京镇守太监监军。

　　南京刑部：管理南直隶地区勋旧、官吏、民众的司法案件。

　　南京工部：管理南直隶地区工程事宜，也铸造南直盐引。