明初，废元朝枢密(枢密院)、平章(同平章事)、元帅、总管、万户诸武官号，统兵五千人者授指挥，以下千户、百户、总旗、小旗不等。度山川形势，分设卫所(卫所制)。大致五千六百人为卫、千人为千户所、百人为百户所。
明太祖洪武三年，升杭州等八卫为都卫。五年，设亲王护卫指挥使司，统诸亲王府护卫。八年，改在京留守都卫为留守卫指挥使司，诸外都卫为都指挥使司，初设十三都指挥使司，设都指挥使、副都指挥使等官。洪武二十六年定天下都司卫所，共计都司十七，留守司一，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。其后沿革，设废不一。
都指挥使司初隶属于大都督府，洪武十三年， 丞相胡惟庸谋反，废中书省，因析大都督府为五，分统诸军司卫所。
皇陵所在各置卫，不隶于都指挥使司。
皇帝亲军上二十二卫，称亲军指挥使司(锦衣卫即其中之一)，不隶五都督府。
明初，都指挥使与布政使、按察使并称都布按三司，同为封疆大吏。明武宗正德年间，皇帝好大喜功，多聚宵小之徒，俱充以军职，遂为世所轻。
清代保留了三司当中的布政使、按察使，都指挥使与卫所一同废除。
《明史》评称“内之部科，外之监军、督抚，叠相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵领敕令于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非礼。至于末季，卫所军士，虽一诸生可役使之。积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣。”
