《钦定藏内善后章程》，又称《钦定藏内善后章程二十九条》或《新订西藏章程二十九条》，是中国清朝政府于1793年(乾隆五十八年)正式颁布的整顿西藏各项事务的章程。此章程也是清朝治理西藏的重要依据。1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，则削弱了驻藏大臣的权力。
1791年(乾隆五十六年)，廓尔喀(今尼泊尔)因与西藏盐税银钱纠纷与白教活佛夏玛巴唆使，军队入侵西藏，意图抢掠遍布西藏各地的寺庙中的财富。当时，西藏地方政府请求清中央政府派兵支援。
1792年(乾隆五十七年)，乾隆帝命清朝大将军福康安同参赞大臣海兰察率领清兵支援当地藏兵，将廓尔喀军队驱返喜马拉雅山南麓，甚至还反攻至廓尔喀首都-阳布外二十公里的热锁桥，迫使廓尔喀向清朝五年朝贡一次。驱逐廓尔喀军队之后，清朝官兵以完善西藏行政为由，订立了治理西藏的多项章程，要求以“金瓶掣签”认定达赖喇嘛、班禅喇嘛与各大呼图克图的转世灵童。
1793年，上述章程的部分条款汇编成《钦定藏内善后章程二十九条》，并翻译成藏文。章程对西藏的宗教事务、外事、军事、行政和司法做出了详细的规定。章程的第一条规定，认定活佛转世实行金瓶掣签制度。
内容
清朝政府制定《钦定藏内善后章程》二十九条
牙含章《达赖喇嘛传》汉文本62页下面是从原西藏地方政府档案册《水牛年奏折》中引出的《钦定藏内善后章程》29条内容：
(一)大皇帝特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，由呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式掣签认定。
(二)今后邻近各国来西藏的旅客和商人，或达赖喇嘛派往域外人员，须由该管主脑呈报驻藏大臣衙门签发路证，并在江孜和定日两地方新派官兵检验。
(三)铸造“乾隆宝藏”字样金币，边缘铸年号，背面铸藏文。驻藏大臣派汉官会同噶伦对所铸造之章卡进行检查，以求质量纯真。
(四)设3000名正规军队：前后藏各驻1000名，江孜驻500名，定日驻500名，前藏代本由驻拉萨游击统辖，日喀则(后藏)、江孜、定日各地代本，由日喀则都司统辖。
(五)关于军队编制，代本下设甲本、如本和定本等，由驻藏大臣和达赖喇嘛挑选年轻有为者充任，并发给执照。
(六)今后征调兵丁，每年每人应发粮食2石5斗，总共为7500石。受征调的兵员，由达赖喇嘛发给减免差役的执照。
(七)关于军队装备，十分之五用火枪，十分之三用弓箭，十分之二用刀矛。各兵丁要经常操演。
(八)达赖喇嘛和班禅额尔德尼的收入及开支，驻藏大臣每年春秋两次进行审核。
(九)吉隆、绒夏、聂拉木等地方免去两年一切大小差徭，宗喀、定日、喀达、从堆等地方各免去一年的差徭。?免去前后藏所有人民铁猪年以前所欠的一切税收。
(十)驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，共同协商处理政事，所有噶伦以下的首脑及办事人员以至活佛，皆是隶属关系，无论大小都得服从驻藏大臣。
(十一)噶伦缺补时，从代本、孜本、强佐中考察个人政绩，由驻藏大臣和达赖喇嘛共同提出两个名单，呈报大皇帝选择任命。其余人员可由驻藏大臣和达赖喇嘛委任，并发给满、汉、藏三种文字的执照。
札什伦布的工作人员，由班禅额尔德尼和驻藏大臣协商委任。
(十二)达赖喇嘛和班禅额尔德尼在世时，其亲属人员不准参预政事。
(十三)驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏各地和检阅军队。各地汉官和宗本等，如有欺压和剥削人民事情，予以查究。
(十四)今后廓尔喀、不丹、锡金等藩属之回文，必须按照驻藏大臣指示缮写。关于边界的重大事务，更要根据驻藏大臣的指示处理。外方所献的贡物，也须请驻藏大臣查阅。所有噶伦都不得私自向外方藩属通信。
(十五)西藏的吉隆、聂拉木等地区和廓尔喀疆土相连，又为交通要道，须树立界碑，限制互相出入。
(十六)今后边宗宗本均由小宗宗本及军队头目中选派，任满三年后考查成绩，如果办理妥善升用，否则革退。
(十七)普通士兵有战斗能力者，虽非贵族亦得升任定本甚至逐级升至代本。
(十八)堪布应选学问渊博、品德良好者充任之。其人选由达赖喇嘛、驻藏大臣及济咙呼图克图等协商决定，并发给加盖以上3人印章的执照。
(十九)政府税收，照所定新旧章卡兑换之数折收。公平采买各物。
(二十)吉隆、聂拉木两地方抽收大米、食盐等税，除非请示驻藏大臣同意，不得私自增加税额。
(二十一)今后所有免役执照一律收回，所有差役平均负担。其因实有劳绩，需要优待者，由达赖喇嘛和驻藏大臣协商发给免役执照。
(二十二)达赖喇嘛所辖寺庙之活佛及喇嘛，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和达赖喇嘛处各存一份，以便检查。
(二十三)青海蒙古王公前来迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣，由驻藏大臣发给通行护照，并行文西宁大臣，以便查访。
(二十四)各活佛头目等因私外出时，一律不得派用乌拉;因公外出时，由驻藏大臣和达赖喇嘛发给执票派用乌拉。
(二十五)对犯人所罚款项、没收财产，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门。无论公私人员如有诉讼事务，均须依法公平处理。
(二十六)每年操演军队所需用之弹药，由噶厦派妥员携带驻藏大臣衙门之公文，前去工布地方制造。
(二十七)所有卸任之噶伦及代本，应将公馆及庄园移交新任，不得据为私有。
(二十八)不得提前发给活佛及喇嘛之俸银。
(二十九)派人催缴赋税，应按规定期限办理。各村逃亡户之赋税负担应予减免。
1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，奏准施行，其中放弃对商上财政的审核权、奏罢训练藏军成例，削弱了此后驻藏大臣的权力，《清史稿》等说使清朝丧失了对西藏的财权和兵权。
