1943年9月6日至13日五届十一中全会在重庆召开，鉴于林森于1943年8月1日去世，选举蒋介石为国民政府主席;并修改国民政府组织法，规定国民政府主席为中华民国元首及海陆空军大元帅，国民政府主席对国民党中央执行委员会负责，五院院长对国民政府主席负责。
会议公然通过了《关于中国共产党破坏抗战危害国家案件总结报告之决议案》，批评“中国共产党对本党十中全会决议所采取宽大容忍之态度，不但毫无感动觉悟之表现，反变本加厉，加紧进行其危害国家、破坏抗战之种种行为，殊深惋痛”。蒋介石还对此案作了“指示”，提出“应用政治方法”的“处理方针”解决“中共案件”。
对于一再延期的国民大会，会上通过了《关于实施宪政总报告之决议案》，宣布“国民政府应于战争结束一年内，召集国民大会，颁布宪法，实施宪政。”
