中华民国陆海军大元帅大本营于1923年3月2日在广州创建。其继承了广州中华民国政府的传统，继续采用青天白日满地红旗为国旗。

　　1922年陈炯明的部下发动六一六事变后，孙中山在蒋中正、陈策等护卫下乘永丰舰离开，至8月初离粤退居到卢永祥势力范围的上海。广州中华民国政府瓦解。第二次护法运动宣告失败。陈炯明部占据广州，自任总司令。

　　1923年1月4日，孙文通电讨伐陈炯明，并收买滇军杨希闵部、桂军刘震寰部，与拥护孙文的许崇智粤军联合，组成东西两路“讨贼军”，合击陈炯明。1月15日陈炯明宣布下野，次日撤出广州退守惠州东江。2月21日孙中山重回广州设陆海军大元帅大本营，重新组建军政府。

　　组织架构

　　设有秘书处、参军处、法制局、审计局、会计司、庶务司、内政部、财政部、军政部、建设部、外交部、海军部、参谋部和大理院。

　　政府领导人

　　中华民国陆海军大元帅大本营的最高领导人是中国国民党总理孙中山。孙中山实行党国体制，一党制的中国国民党统领政府。

　　1924年中国国民党在广州举行中国国民党第一次全国代表大会，其后成立黄埔军校，组建国民党领导的国民革命军，以党统领军队。

　　办公地点

　　中华民国陆海军大元帅大本营的办公地点，位于广州市海珠区纺织路东沙街，也是今大元帅府所在地。