萨尔瓦多国旗为一面自上而下由蓝-白-蓝三道条横条组成的旗帜，两道蓝色横条象征萨尔瓦多共和国位于太平洋与大西洋之间;白色代表萨尔瓦多民众对和平的祈望。蓝-白-蓝横条源自中美洲联邦共和国旗帜的主体图案(萨尔瓦多在1822至1839年间为中美洲联邦共和国的一员)。
国旗中央有萨尔瓦多国徽图案的，为政府用旗，比较常见。而在国旗中间用西班牙文书有萨尔瓦多国家格言(大意为“上帝、统一、自由”)的，则是民用旗，仅在民间集会中使用。
法定的萨尔瓦多国旗纵横比例为189：335，但通常会简化为3：5。
现行萨尔瓦多国旗启用于1912年5月17日，1972年，国旗图案在该国宪法中正式得以确定。
1839-1896年，以及1898-1912年间，萨尔瓦多为彰显同美国的紧密友谊，使用了与美国国旗相类似的“星条旗”图案的旗帜作为国旗。
