中华民国非常大总统是孙中山在广州于1921年5月5日与1923年2月21日第二次护法时的职任名称。

　　中华民国第一届国会是1912年10月产生的，在这一届国会中第一大党是国民党。法定这届国会的任期是六年。1913年因宋教仁遇刺，引发二次革命，之后袁世凯下令解散国民党，并剥夺国民党的议员资格。

孙中山在广东咨议局就任非常大总统时的会场

　　1916年袁死后，国会恢复，但当时的政治大权全部集中在各省的督军和国务总理段祺瑞手中。1917年大多数督军希望在第一次世界大战中对德国宣战，国会意见不一，但比较倾向于保持中立。段祺瑞和其他督军组织督军团要挟和逼迫国会。中华民国大总统黎元洪借此机会免去段职。之后11省督军先后宣布独立。为了稳定北京的局势，黎决定叫张勋入京调解。张勋却趁机复辟满清帝制，失败后，段祺瑞重返北京，国会已经陷入停止工作的状态。

　　孙中山此时在广州打起护法的旗号，呼吁国会议员南下广州组成新政府。他认为北京政府此时已经明显违背了中华民国临时约法，成为“非法政府”。孙中山的呼吁受到许多国会议员的响应，纷纷来到广州。与此同时，段祺瑞筹划组织第二届国会，成员主要是段的党羽，被称为“安福国会”。孙中山不承认这个国会的合法性，因为许多省份没有参加国会选举，而且在选举过程中明显有作弊现象。当时无法进行全国性的国会选举，因此他认为第一届国会依然在任。其成员在1917年8月广州召开“国会非常会议”，孙当选为“大元帅”。

　　1918年5月，非常国会通过改组，以七总裁取代大元帅，孙中山在护法军政府内实际上被架空，于是辞职离去。

　　1920年中，陈炯明成功驱逐广州之桂系及滇系，孙中山回粤。然而广州护法军政府与在北京的北洋政府相比，并未得到国际的承认。为了表示北洋政府不代表全中国的政府，他决定让非常国会在广州选举一个大总统，来与在北京被安福国会选举的大总统徐世昌抗衡。

　　1921年4月4日，他邀请在穗的非常国会议员并对他们表示，假如他们不尽快选举一个大总统的话，他就离去。4月7日非常国会议员共222人选举大总统，孙得218票，陈炯明得3票，1票无效。5月5日，孙中山就任大总统，称自己为非常大总统，以表示其总统职权的来源不是正规的。孙当选后向国内外分别发表声明，并写公开信给徐世昌劝他自动离职。同时孙发表他的新政府的人事名单：

　　外交部长伍廷芳

　　次长伍朝枢

　　财政部长唐绍仪

　　次长廖仲恺

　　陆军部长 兼

　　内政部长陈炯明

　　海军部长汤廷光

　　参谋部长李烈钧

　　秘书长马君武

　　总参议兼文官长胡汉民

　　政治部长胡汉民

　　唐绍仪和陈炯明都不肯到任，由此可见当时孙在广州军政府地位并不稳固。

　　1922年6月16日清晨，陈炯明与孙中山意见不合，命令叶举攻击总统府，孙中山被迫离开广州，首先逃到珠江上的永丰舰。后来看到短期无望收复广州后，经香港赴上海。非常大总统一职在形式上继续保留着。

　　1923年2月21日孙中山返回广州时，不再使用中华民国非常大总统的职称，设立陆海军大元帅大本营，自任大元帅。