第二次苏丹内战开始于1983年，是1955年至1972年之第一次苏丹内战的延续。这场战争主要地点是苏丹南部，是第二次世界大战以后平民死亡人数为最多的一场战争，大约有190万名南苏丹平民死亡，以及超过400万人被迫离开家园。

　　2005年1月，作战双方签订《全面和平协定》，内战结束。双方协定，南苏丹在此后6年实行自治，于2011年举行的独立公投通过，并于2011年7月9日0时宣告独立，约有30个国家的元首参加南苏丹共和国的独立庆典仪式，联合国秘书长潘基文也参加了成立仪式，南苏丹是目前世界上最新成立的国家(以联合国成员国计)。

　　这场内战源于宗教和种族原因，南苏丹与北苏丹在宗教信仰和种族上差异很大，北方人民大多是阿拉伯人及信仰伊斯兰教，南方人民大多是黑人，信仰基督教或当地传统宗教，穆斯林主导的中央政府意图向南方的非穆斯林人民实施按伊斯兰教法制定的法律，最终引发内战。

　　英国人殖民管治苏丹时，把南方与北方分开管治，在南苏丹用类似在东非的方式管治，在北苏丹就用类似说阿拉伯语的埃及的一套。英国人不予北方阿拉伯人出任南方重要官职，也不鼓励南北方之间的贸易。不过到1946年，英国在北苏丹的压力下退让，把南北两地结合在一起。

　　1983年，苏丹总统加法尔·尼迈里宣布废除《亚的斯亚贝巴协定》，取消南方自治，并在全国实施伊斯兰教法，引起在南部占大多数的非穆斯林居民不满，引发第二次内战。

 2001年6月苏丹南部各方势力控制区

　　原苏丹政府军上校约翰·加朗是南方人，在1983年5月前往南方策反当地的黑人政府军官兵，组成苏丹人民解放军反抗北方。约翰·加朗及后来成为南苏丹总统的萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特早期支持在统一的苏丹内实施南方自治。

　　1955年爆发第一次苏丹内战，到1972年南北双方签订《亚的斯亚贝巴协定》才结束，“南苏丹自治区”成立。

　　按照《亚的斯亚贝巴协定》，苏丹南部出口的收益归南方自治区所有。1970年代末，苏丹南部发现石油，此后北方政府企图控制南方石油，导致南北关系恶化，北方对石油的欲望成为后来取消南方自治的重要诱因。

　　苏丹人民解放军在1986年的兵力约有12500人，1989年有2万至3万人，到1991年有5万至6万人。

　　叛军从战争初期已经把攻击石油设施作为其主要战略之一。1991年，支持南方叛军的埃塞俄比亚门格斯图政府被推翻，加上南方叛军内部分裂(努尔族的里克·马查尔在1991年脱离约翰·加朗，另立苏丹人民解放军纳西尔派，并接受苏丹政府援助对抗加朗)，苏丹政府军乘势在其后三年里收复许多失地，夺回大多数油田。

　　战争的破坏加上西方国家在1990年代开始对苏丹实施经济制裁，西方国家的石油公司被迫退出或减少在苏丹的石油业务，由中国、印度等亚洲国家的石油公司填补。

　　苏丹自1999年起出口石油，北方政府把大量石油收益用于军费上，不过在苏丹石油收入增加的同时，美国加强了对苏丹政府的制裁，甚至向南方叛军提供援助。2001年，南方叛军各派在美国的压力下重新合作。2002年，南方叛军收复东南部近边境的卡波埃塔。同年7月，苏丹政府与苏丹人民解放运动(苏丹人民解放军的政治代表)签署《马查科斯协议》，对内战结束后的过渡安排、政府架构、南方自治等议题达成初步共识。