民国26年(1937年)10月14日，日军攻占归绥，10月17日又攻占包头。10月27日，在日本扶持下，第二次蒙古大会在归绥召开。10月28日，大会讨论通过了《蒙古联盟自治政府组织大纲》、《蒙古联盟自治政府暂行组织法》、《第二次蒙古大会宣言》等，正式成立了蒙古联盟自治政府，选举云端旺楚克(未到会)为政府主席、德穆楚克栋鲁普为副主席。

　　1937年11月22日，蒙古联盟自治政府、察南自治政府、晋北自治政府在张家口签订《关于设立蒙疆联合委员会的协定》，正式成立了蒙疆联合委员会。1939年9月1日，蒙古联盟自治政府、察南自治政府、晋北自治政府正式合并，在张家口成立蒙疆联合自治政府。

　　蒙古联盟自治政府设在厚和豪特(原归绥)，设主席、副主席。“主席为蒙古联盟自治政府之主权者，遇有事故不能执行职务时，由副主席代行之。”蒙古联盟自治政府下设政务院，“掌理诸般行政”，政务院实行政务院长负责制。政务院下设总务部、财政部、保安部，各部均下设若干处。总务部下设总务处、法制处、建设处、内务处、教育处、外交处;财政部下设会计处、税务处;保安部下设警务处、司法处。

　　政务院下辖的地方行政机关有：乌兰察布盟、伊克昭盟、察哈尔盟、巴彦塔拉盟(后来设立)、锡林郭勒盟等5个盟公署，以及厚和豪特市、包头市2个市公署。除了政务院以外，还有蒙古军总司令部、参议会与政务院地位平行。此外还设有秘书处、司法局等机构。同时，蒙古联盟自治政府还设有日本人组成的顾问部，实际掌控军政大权，下设总务部、财政部、保安部等部。

　　1938年3月，政府主席云端旺楚克病逝。1938年7月，德穆楚克栋鲁普接任政府主席，随即对政务院进行改组，对人员进行了任免。[4]1938年8月1日，政务院正式改组，废除了政务院的总务部、财政部、保安部3部制，改行1厅4部制(总务厅，民政部、财政部、保安部、畜产部)。总务厅下设总务处、人事处、主计处、外交处等;民政部下设内务处、教育处、建设处;财政部下设税务处、理财处;保安部下设警务处、司法处;畜产部下设牧业处、畜产处。此外，还有直属政务院的地政局、司法局、参议会等。

　　蒙古联盟自治政府以乌兰察布盟(盟公署驻百灵庙)、锡林郭勒盟(盟公署驻贝子庙，今锡林浩特市)、察哈尔盟(盟公署驻张北)、巴彦塔拉盟(盟公署驻厚和豪特，今呼和浩特市)、伊克昭盟(盟公署驻包头)及厚和豪特市、包头市为辖区。其中，巴彦塔拉盟是将土默特特别旗和察哈尔右翼4旗合并后新设立的。

　　各盟公署设盟长1人，副盟长1人，日本参与官1人，下设总务厅、民政厅、保安厅、财政厅、教育厅等厅。厚和豪特市、包头市各设市长1人，日本主任顾问1人，下设总务科、财务科、建设科、司法科、警务科等科。