叶尔羌汗国是由东察合台汗国汗速檀阿黑麻之子苏丹赛德在1514年于原察合台汗国的旧地上创立的一个国家，部分史学家认为是东察合台汗国的延续。至1680年成为准噶尔汗国的附属国，在17世纪末策妄阿拉布坦时期消亡。早期的首都在喀什噶尔(今喀什市)，后迁往叶尔坎叶尔羌城(今莎车县)。

　　疆域最大时包括吐鲁番、哈密以及塔里木盆地。汗国版图的东达敦煌，南达吐蕃乌思藏，西南达博罗尔、巴尔蒂斯坦，与乌兹别克以费尔干纳谷地为界，北方以天山为界，与准噶尔相邻。

　　17、18世纪当地作家著作中，有多个国名，其意均为“蒙古国”。近代多称“叶尔羌汗国”，中国学术界普遍接受并使用这一名称。欧洲史学家根据其早期统治中心在喀什噶尔，因此称为“喀什噶尔汗国”。波斯人则因其国是由成吉思汗后裔(蒙兀儿人)建立，因此称为蒙兀儿汗国。

　　14世纪，今新疆南部的突厥化蒙古人大部分皈依伊斯兰教，融入到当地的突厥语系民族，成为现如今维吾尔族的四大族源之一。

　　叶尔羌汗国信奉伊斯兰教，苏非派的势力很大。速檀赛德曾经想成为一位德尔维希(即托钵僧)，投身和卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。黑山派和白山派两派互斗不已，直到亡国。白山派的据点是喀什噶尔，黑山派的据点是叶尔羌城。

　　1680年准噶尔部首领噶尔丹攻占叶尔羌后，扶植叶尔羌汗后裔阿卜都里什特作为傀儡政权进行统治。到了策妄阿拉布坦时期，约在1700年准噶尔出兵重新控制了天山南路，不再立叶尔羌汗，叶尔羌汗国彻底灭亡。

　　汗国大部制度和成吉思汗时代无异，只是信奉伊斯兰教。汗国的官员分为军事官员、宫廷官员、中央官员、宗教人士官员。汗由库里台大会推举。法官由宗教官员与世俗官员出任。由案情决定，官教案件由哈的负责，习惯法由伯克负责。

　　独立时期叶尔羌汗(速檀)

　　速檀赛德 سۇلتان سەئىدخان(阿黑麻汗之子，满速儿之弟)(1514 - 1533)

　　拉失德 رەشىدخان(1560 - 1533)

　　阿不都克木 ئابدۇكېرىمخان(1592 - 1560)

　　马黑麻 مەھمۇدخان(1592-1610)

　　阿黑麻 ئەھمەدخان(1619 - 1610)

　　沙拉夫·丁·速檀سۇلتان شەرەفەددىن (1615)

　　忽来失速檀 (1619)

　　阿布杜拉提甫 ئابدۇلېتىپخان(1631 - 1619)

　　夫拉德汗 速檀阿黑麻 (1631 - 1632)

　　克雷奇汗 速檀马合木 (1632 - 1635)

　　夫拉德汗 速檀阿黑麻 第二次在位(1635 - 1638)

　　阿不都拉哈汗 (1638 - 1667)

　　尧勒巴斯汗 (1667 - 1669)

　　阿不都·拉提夫 (1669 - 1670)

　　伊思玛业勒 (1667 - 1680)(与尧勒瓦斯同时在阿克苏立汗，灭亡阿不都·拉提夫政权后统一汗国)

　　附庸时期叶尔羌汗(速檀)

　　阿卜都里什特(1680-1682)

　　马哈麻特·额敏(1682-1692?)

　　阿克巴锡(1694-1700?)，名马哈麻特·木明。

　　速檀阿哈玛特(素勒坦阿哈木特，约1700?)

　　经济为园地业、商业、畜牧业。以农业为主，土地分别为国有土地、私人物土地、宗教庄园土地。官地由佃农种植，称为塔兰奇，是农奴。收成五成交给汗国，私人土地则是一成，这是经教确定的。黑汗王朝已有此制度。