运河的通行费用由巴拿马运河管理局设定，取决于船只的种类、大小和搭载货物的类型。

　　对于集装箱船，通行费用取决于船只装载20呎标准集装箱的能力。根据2016年4月1日生效的规定，通行费用从每箱74美元到90美元不等(取决于船只搭载集装箱的数量)。一艘巴拿马极限型船只可以搭载4400个20呎标准集装箱。

　　排水量超过30, 000吨的客轮，根据旅客铺位数缴纳通行费用。从2016年4月1日后，每个铺位需缴纳的费用为111美元(未使用的铺位)或138美元(使用中的铺位)。从2007年开始，这项费用使得这类船只需缴纳的总费用大大提高。排水量小于30, 000吨或人均排水量小于33吨的船只按照货轮标准收费。由于几乎所有的主要游轮人均排水量都超过了33吨，这一标准常被放宽至人均排水量40吨。

　　大部分其他种类的船只按照标准排水量缴纳费用，其中“一吨”排水量是按照100立方英尺(2.83立方米)计算的(实际上，商业船只的标准排水量计算方法很复杂)。在2016财年，这一费用为：

　　对于最初的10, 000吨，每吨费用为5.25美元。

　　之后的10, 000吨，每吨5.14美元。

　　其余为每吨5.06美元。

　　运河向货船压舱物征收相对较低的费用，三项分别为4.19美元，4.12美元和4.05美元。