1962年10月11日上午8时30分，此次大会的开幕式在圣伯多禄广场举行。出席开幕式的主教超过2400名，还有意大利总统和很多国家元首列席。在开幕式上，教宗指出大公会议的任务是：“使教会自我革新，推进基督徒中间的合一，为能向人类更有效地宣讲福音。”大会开幕后，首先选举各个小组的委员。法国主教团代表全体教长，起草了《大会告全人类书》，表达了关怀全体人类和愿意为全体人类服务的诚意;并提出大会特别关心的两个问题：国际和平问题和社会正义问题。

　　然后，大会进入了审议草案阶段。第一个讨论的是《礼仪草案》。其中较受争议的议题包括：(1)礼仪中的语言;(2)礼仪当如何适应不同地区文化的需要;(3)地方主教团在礼仪问题上的职权等。最后，大会通过了这个草案的序言和第1章。在第1期会议中，大会也讨论了《启示渊源草案》、《大众传播工具草案》、《东方礼教会合一草案》和《教会草案》。因为大多数教长不满意《启示渊源草案》，教宗指示把草案退给有关小组重写。而《大众传播工具草案》，大会则要求把它缩短成若干原则和一个牧灵训谕。对于《东方礼教会合一草案》，大会希望它能与基督徒合一组的另一草案以及《教会草案》中论大公主义一章，合并成一个草案。关于《教会草案》，最后由于时间所限，只进行了初步讨论，来不及得出任何结论。梵蒂冈第二届大公会议第1期的会议，于1962年12月8日闭幕。

　　在第一期会议结束前教宗宣布：将把70多个草案缩编成20个(其后再缩编成17个)以提高大会进行的速度。还要成立一个协调委员会，用来督察各个小组的工作，务必使他们提出的草案不致相互冲突。这些是大会休会期间主要的工作。

　　1963年6月3日，教宗若望廿三世因病逝世，终年82岁。1963年6月21日，若翰·蒙蒂尼枢机被推选出来继任教宗，名号为保禄六世。当选后第二天，新教宗便宣布将继续进行大公会议。后来，新教宗调整了大会的结构：加设了由4名枢机组成的督察团，负责主持全体会议;并以新成立的“协调委员会”取代了原来的“大会特别事务处”。