1549年至1550年教宗选举秘密会议是枢机团于教宗保禄三世离世后选出若望·玛利亚·索基·德尔·蒙特枢机为教宗尤利乌斯三世的选举秘密会议。这次选举秘密会议是16世纪举行时间第二长及截至当时有最多枢机选举人参与的1次。当时参与的枢机选举人(最高峰有51人)分为3个阵营，包括法兰西王国的亨利二世派(法兰西派)、神圣罗马帝国的查理五世派(帝国派)和法尔内塞派(保禄三世的侄子枢机)。
雷吉纳尔德·博勒枢机，查理五世认为可以出任教宗的第二人选和选举秘密会议举行初期得票较多的人。
枢机团留意到欧洲列强的广泛干预，故此他们在选举秘密会议里确定何时和如何重新召开查理五世支持但亨利二世持反对态度的特利腾大公会议。他们亦需要决定帕尔马公国的命运(查理五世和法尔内塞家族声称拥有该公国)。枢机团虽然几乎选出雷吉纳尔德·博勒枢机为新教宗，但是迟到的各法兰西的枢机令选举秘密会议变回僵局。各枢机选举人最后妥协并选出若望·德尔·蒙特枢机为教宗尤利乌斯三世。
法兰西人希望尤利乌斯三世不会给予神圣罗马帝国任何好处。不过，他们的紧张局势在尤利乌斯三世1550年11月重新召开特利腾大公会议之时失控。关系破裂后，他们于1551年8月几乎导致天主教会分裂。法兰西军队、帕尔马公爵奥塔维奥·法尔内塞的军队和教宗以及神圣罗马帝国的联合军队展开了一段短暂的帕尔马战争。这两件事情亦令他们的斗争进入高潮。
法兰西的神职人员并没有参与特利腾大公会议于1551年至1552年的会期。亦因如此，他们在法兰西王国推行改革的进度缓慢。由于亨利二世不允许任何法兰西的枢机在罗马定居，很多枢机都错过了选出马塞勒斯二世的选举秘密会议。然而马塞勒斯二世出任教宗的时间短暂。当他们抵达罗马时，他们只是刚好及时选出保禄四世作为马塞勒斯二世的继任人。
保禄三世1549年11月10日于罗马奎里纳莱宫离世，终年81岁。离世后，他生前戴上的渔人权戒和教宗印信被销毁。遗体同日送回梵蒂冈并在下午于圣伯多禄大殿的至圣圣事小堂安放2日。11月13日，保禄三世葬在圣伯多禄大殿1个由米开朗基罗设计的陵墓。
保禄三世史无前例地将枢机团人数增至54人，而选举秘密会议的长度令很多居于外地的枢机都可以参与选举。故此最高峰时总共有51位枢机选举人参与。不过，有2位枢机和数位枢机分别在选举进行期间离世和生病。故此，只有44人参加最后1轮投票。
根据查尔斯·德洛林-盖斯枢机写给亨利二世信中的记录，法兰西派的枢机在12位来自法兰西的枢机到达罗马后共有23人。帝国派有22位枢机，4位枢机立场中立。因此盖斯枢机认为任何1个阵营即使成功说服立场中立的枢机亦未能令某人得到三分之二的支持票而当选教宗。此外，11位被盖斯当作法兰西派的意大利枢机似乎可能只向意大利人投票。这令亨利二世心目中3个应成为教宗的人(类斯·德·波旁·德·旺多姆、若望·德·洛林和乔治·昂布瓦斯)并无可能当选。非法兰西王国籍的法兰西代言枢机埃斯特转而成为亨利二世的选择。法兰西王后凯瑟琳·德·美第奇认为她的伯父若望·萨尔维亚蒂枢机是出任教宗的人选，但是帝国派和法尔内塞家族均强烈反对。
另一边厢，查理五世支持2位枢机出任教宗。第1位是若望·阿尔瓦雷斯·德·托莱多枢机，其次是雷吉纳尔德·博勒枢机。不过法兰西的所有枢机、萨尔维亚蒂枢机、尼古拉·里多尔菲枢机和2位负责将特利腾大公会议移师到博洛尼亚的神职人员(若望·玛利亚·索基·德尔·蒙特枢机和马塞勒斯·塞尔维尼·阿布鲁·斯班诺志枢机)均反对这2人出任教宗。
1549年11月27日，12位枢机到达罗马并和29位在保禄三世离世时身处罗马的枢机会合。41位枢机其后抽签决定各枢机选举人于选举秘密会议期间居住的房间。由于有枢机选举人生病，故此这些枢机可以不须抽签而获优先分配房间。12月1日，枢机选举人亦需要发誓遵守教宗尤利乌斯二世在《禁止买卖圣职》诏书上有关因买卖圣职而在教会内担任圣职的内容和教宗额我略十世有关教宗选举规程的《危险之处》诏书。2日后，他们决定采用秘密投票来选出新教宗。[18]
这次选举秘密会议会使用《危险之处》和《天主教法典》对选举的规范。不过枢机团明显漠视有关禁止向外界接触的条文。有些未经许可的人士参与选举秘密会议，而他们从小堂小门离开的时候并没有将门关上。葡萄牙的弥额尔·达·席尔瓦枢机因为不满查理五世和亨利二世的大使在场而向枢机团团长若望·多明我·德·古庇斯投诉选举是“公开多于不公开”。当类斯·迪·波旁·迪·旺多姆枢机1550年1月14日到场后，选举秘密会议共有大约400人参与。然而当中只有48人是枢机，而其余300余人则包括有部分枢机的兄弟、世俗政权领袖的代表和为了只向外界透露选举进程而进入会场的人。
1月31日，1个由6位枢机(加立法、波旁、帕切科、沃尔德堡、席尔瓦和博勒)组成的改革委员会决定实施13项规定。这些规定包括限制每位枢机选举人的助手人数至最多3人、禁止枢机扩大房间的空间或更换房间、禁止3位以上的枢机进行私人会议、各枢机选举人不得共同进食或分享食物和各枢机不得于晚上10时30分至黎明时分期间离开房间等等。医生和理发师亦各自只能有3名意大利人、1名法兰西人、1名德国人和1名西班牙人。
选举秘密会议进行前和进行期间，很多罗马的庄家就“潜在教宗”(即有较大机会当选的枢机)提供点差交易。根据玛窦·丹多洛(意大利语：Matteo Dandolo)的资料，这些商人明显对投票结果了如指掌。枢机们的各侍从在赌局里与他们合作，他们因而得到很多钱。
选举秘密会议于保禄小堂(非西斯廷小堂，该处被分隔成19个房间供枢机休息)召开后5日，枢机于1549年12月3日进行首轮投票。由于法兰西王室在保禄三世离世后10天才收到他的死讯，故此选举秘密会议开始时在场的枢机几乎都是宗座从缺时身处罗马的帝国派枢机。然而14位法兰西的枢机里只有2位身处意大利(其中1位是正在法尔内塞家族领地度假的安多尼·桑俊·德·默东)。因为《博洛尼亚协议》其中1个条款容许教宗在法兰西神职人员于罗马离世时向法兰西王国支付圣职俸禄，所以亨利二世叮嘱枢机留在法兰西王国。与此同时，他透过非法兰西盟友(特别是伊波利托二世·埃斯特)作为他与罗马教廷之间的中间人。埃斯特为了令法兰西的枢机出席选举秘密会议而尽力将其延迟举行。他亦使用自身影响力为保禄三世编排1个为期9天的独特葬礼仪式。
德尔·蒙特枢机起初能够当选教宗的赔率是1比5，紧随其后的是萨尔维亚蒂、里多尔菲和博纳。不过博纳的赔率3天后上升至1比4。亚历山大·法尔内塞枢机(保禄三世的侄子枢机)和4位或5位属法尔内塞派的枢机(拉努乔·法尔内塞和圭多·阿斯卡尼奥·斯福尔扎·迪·圣菲奥拉等人)在选举秘密会议一开始就支持神圣罗马皇帝的第二人选雷吉纳尔德·博勒枢机。他们之所以支持他是因为查理五世保证会支持奥塔维奥·法尔内塞为帕尔马公爵。博勒枢机12月5日得到26张支持票，距离他当选教宗的三分之二门槛只差2票。此时他当选教宗的赔率已经升至0.95。法兰西王国大使克劳德·迪约菲得知这个消息后即时前往保禄小堂大门并强烈要求其他枢机等待身在科西嘉岛的法兰西枢机参与选举。另外，他亦威胁指教会有可能因为法兰西的枢机缺席教宗选举而分裂。
不管迪约菲的警告有否令其他枢机等待法兰西的枢机、法兰西的枢机到达热那亚南部或选举秘密会议完结，博勒在1549年12月7日起每次投票里都获得最多23张或24张支持票。盖斯、查理二世·德·波旁-旺多姆、奥代河·德·科利尼·德·夏特林和若望·杜倍雷4位法兰西的枢机于12月11日到达保禄小堂，当选教宗的绝对大多数门槛因而上升至31张支持票。博纳胜出选举的赔率亦下降至0.4。亨利二世给予盖斯枢机15万埃居，这笔金钱有可能作贿赂之用。其他法兰西的枢机亦陆续开始到场参与选举。乔治·昂布瓦斯和菲利普·德·拉·查佩罗于12月28日到场，而若望·德·洛林则于3天后到达。类斯·迪·波旁亦于翌年1月14日出席选举秘密会议。
1550年1月22日，认为选举秘密会议不能在1月、2月和3月完结的赔率分别是9比10、1比2和1比5。至于认为选举永不完结的赔率为1比10。博纳所得票数亦于1月底之前跌至21张支持票。不过，法兰西派仍对应支持加立法、迪·波旁、洛林或萨尔维亚蒂中哪1人出任教宗的意见分歧。虽然不少法兰西的枢机均希望埃斯特能够出任教宗，但是他并没有得到更多支持票。法兰西的枢机有可能觉得埃斯特只有在选举秘密会议延长时才会有当选的希望，埃斯特亦因如此而无法出任教宗。按照先前应对拖延选举的枢机的方法，枢机于1月底开始所得的基本设施和食物较之前为少。保禄小堂上层的窗户亦因为要减少进入小堂的自然光和新鲜空气而关上。不久之后，法尔内塞派认为在法兰西派枢机里最适当的教宗人选尼古拉·里多尔菲于1月31日怀疑被人毒死。
亨利二世在2月6日发给盖斯枢机的信件里劝告盖斯支持一个立场中立的候选人，但是这封信于选举秘密会议完结后才送到盖斯手上。起初，帝国派因为德尔·蒙特枢机转换特利腾大公会议的召开地点而反对他出任教宗。法兰西派亦因其罗马平民世系身份和个人缺点而认为他并不适合成为教宗。虽然两个派系起初均拒绝支持他，但是他过去对神圣罗马帝国的敌意和查理五世最近发出的信件里并没有明确反对他出任教宗而分别得到法兰西派和部分帝国派枢机的支持。他同时因为会保证承认奥塔维奥·法尔内塞为帕尔马公爵而得到法尔内塞派的支持。2月7日晚上，盖斯和法尔内塞向各枢机公布他们想一致推举德尔·蒙特枢机为新教宗。除了4位帝国派枢机反对外，当时有41人和议推举他。各枢机然后在翌日早上举行的第61轮投票里一致投票支持德尔·蒙特为新教宗。当选后他取名为“尤利乌斯三世”。
1550年2月22日，尤利乌斯三世被首席助祭诺森·西博枢机加冕。他于3月14日出发到教宗的主教座堂拉特朗圣若望大殿参与罗马主教就职典礼，但由于种种原因而令他在3个半月后才可以完成就职。[6]此后，尤利乌斯三世一直出任教宗至1555年离世为止。
