根据《危险之处》和《非罗马人》(拉丁语：Ne Romani)两份法令的规定，这次选举秘密会议需要在意诺增爵八世离世后10天的8月4日开始。然而年老的吉拉底枢机需要更多时间才能够到达选举举行地。各枢机亦获告知他将会携带一封由十人团发出的信件，他们在信中表示希望枢机团能够在他到场后才开始选出新教宗。枢机团有可能为免得罪威尼斯当局而决定延迟举行选举。

 这次选举秘密会议是首次于西斯廷礼拜堂举行的选举。

　　曾于1484年选举秘密会议里主持礼节事务的德国籍教宗礼仪总礼节司若望·布查德亦有负责这次选举的礼仪工作，因此他的日记详细记载了两次选举的情况。他在日记里记下每位枢机在选举举行期间获得的物资：

　　“ 一张桌子、一张椅子、一张凳子。一个马桶。两个尿兜、两块进食使用的小餐巾。12块在餐桌上使用的细餐巾和4块手巾。两块用作抹杯的小抹布。地毯。一个装有枢机的衣服，包括他的衬衫、一些短白衣、一些抹脸布和一条手帕的大型箱子或盒子。4盒作为粮食的糖果。装在一个容器的含糖松子。杏仁膏。甘蔗。饼干。一块糖块。一个天平。一个锤子。钥匙。一个痰盂。一个针盒。一个装有袖珍折刀、笔、镊子、芦苇笔和笔架的笔盒。一刀纸。红色的蜡。一个水壶。盐罐。刀。匙。叉子等等。 ”

　　这次选举秘密会议于1492年8月6日举行之前有一场由尤利乌斯·德拉·罗韦雷支持的圣神弥撒(枢机团团长罗德里哥·迪·波吉亚传统上会主持这场弥撒但他并没有主持)。身为西班牙人兼天主教双王大使的伯尔纳铎·洛佩斯·德·卡瓦哈尔则在选举开始之前以“困扰教会的邪恶之事”为题发表演讲。枢机团为免防止罪行继续发生而委任同为西班牙人的塔拉戈纳总教区总主教贡萨洛·费尔南德斯·德·埃雷迪亚负责梵蒂冈的保安事务。宗座从缺时两个重要的部门首长与波吉亚枢机均为西班牙人，而波吉亚有可能以枢机团团长的职权任命这两个人出任这些职位。这样他可以在选举秘密会议里巩固自己的地位，从而当选教宗。

　　尤利乌斯·德拉·罗韦雷1503年当选成为尤利乌斯二世后，他发出一份有关禁止买卖圣职的教宗诏书。诏书里列明任何透过买卖圣职而令一个人当选教宗的选举会被视作无效，而接受某人利益并在选举里转为支持该人的枢机会被解除圣职和被逐出教会。虽然亚历山大六世离世后和尤利乌斯二世接任教宗前有一位仅出任教宗26天后逝世的庇护三世，但是罗马教廷内部仍然存有亚历山大六世任内作出不诚实行为的说法。亚历山大六世在位期间仍为枢机的尤利乌斯二世曾经受到政界批评，而他位于奥斯提亚的坚固城堡外墙亦经常受到军事攻击。

　　8月6日的其他时间用作草拟和签署选举秘密会议降约。虽然降约的全文现时已经无从稽考，但是现有的资料已证实降约里有列明新教宗册封新枢机人数的限制。

　　8月8日，枢机团召开首轮投票(“审查”)。加立法据说在这轮投票里获得9张支持票，波吉亚、哥斯达和米希尔各自得到7票。尤利乌斯·德拉·罗韦雷亦得到5票，而斯福尔扎则出乎意料地未获任何枢机支持。当枢机团举行下轮投票时，加立法仍然获得9票。原先有7票的波吉亚则有8票，而米希尔和罗韦雷则维持原来的票数。

　　当时一名身为选举秘密会议守卫的佛罗伦萨大使表示枢机团截至8月10日共进行了3轮未能选出新教宗的投票，而加立法和哥斯达均有可能该3轮投票里取得较多支持票。这3轮投票亦显示波吉亚未必会被选为教宗。编年史者兼尤利乌斯二世的秘书西吉斯蒙德·德孔蒂(意大利语：Sigismondo de' Conti)指枢机团于8月11日清晨举行第4轮投票。尽管波吉亚连同因改变选票而支持他的枢机都只得到15票，但是枢机团仍然一致推举他成为教宗。其他资料则指波吉亚除了将自己的一票给予加立法外，他得到所有枢机的支持票。

　　根据《天主教百科全书》，如果若翰·奥尔西尼投票支持波吉亚出任教宗，他就会以全票当选。