云南回变，又称杜文秀起义，是1856年发生在清朝云南省的一次大规模回族穆斯林武装反抗清朝政府统治的起事。1872年被清军镇压。

　　19世纪，为争夺土地和矿权，云南的汉族地主商人和回族地主商人之间发生的冲突，这些冲突日益激化。

　　道光二十六年(1846年)，保山县发生永昌汉、回互斗事件，官府袒护汉族，纵汉杀回，杜文秀家人全部遇难。杜文秀等人先后前往昆明和北京上诉，都未能得到公正待遇。

　　咸丰六年(1856年)，临安府(治所在今建水县)因矿权纠纷发生汉、回冲突，冲突蔓延到昆明等地。云南巡抚下令对“滋事”回民，格杀无论。此举激起云南各地回民的反抗。8月，杜文秀在蒙化(今巍山)小围埂村聚众起义。起义军攻克大理，并以此为根据地建立政权，杜文秀任“总统兵马大元帅”，宣传响应太平天国，建立大理政权，废除清朝年号，制定“遥奉太平天国南京号召，革命满清”和“联合回汉一体，竖立义旗，驱逐鞑虏，恢复中华，剪除贪污，出民水火”的纲领，规定各民族之间一律平等的原则。

　　同治六年(1867年)，杜文秀政权已占有云南一半的地区。同年杜文秀派二十万大军包围昆明，但久攻不下。

　　同治八年(1869年)清军反攻，起义军失利，退回滇西，这次失利成为起义的转折点。

　　同治十一年(1872年)，清军围困大理，杜文秀服毒自杀，起义失败。

　　云南回变期间，部分云南人口迁移，相信鼠疫是此时随之迁移至人口较多之两广一带;后来再流行至全球。