第一次段祺瑞内阁改组内阁是由第一次段祺瑞内阁在民国5年(1916年)6月30日改组而成，于民国6年(1917年)5月23日因府院之争结束。

　　袁世凯逝世后，黎元洪继任大总统，他下令恢复《临时约法》和大总统选举法，废除《袁记约法》。同时，政府和参与护国战争的护国军也达成妥协，因此由国务总理段祺瑞组成新内阁。

　　此内阁中，表面上南方派占有多数，而且获得外交、内务、财政、海军四个重要部门的权力，但是由于北洋军阀势力在袁世凯死后迅速扩张，南方派多受制约，未能真正执行权力。

　　此届内阁寿命约11个月，最终在黎元洪和段祺瑞的府院之争中倒台。从1917年4月开始，段祺瑞和黎元洪就围绕对德宣战问题争论不休，段祺瑞操控督军团向国会施压，要求通过对德宣战案。国会拒绝督军团干涉立法事务，督军团乘机攻击国会制定的宪法草案，并要求解散国会。5月10日，国会表决对德宣战案时，有军人和流民围攻国会，殴打议员，引起社会舆论的愤怒;同一日，内阁成员在参加一战和对德断交问题上产生严重分歧，海军总长程璧光、外交总长伍廷芳、农商总长谷钟秀、司法总长张耀曾一同请辞，段祺瑞内阁开始根本动摇。不久后，段祺瑞私自向日本人贷款的丑闻传出，黎元洪于是在5月23日罢免段祺瑞的国务总理职务。段祺瑞内阁告终。

　　段祺瑞被罢免之后，愤而离京，他声称根据《临时约法》，总统无权解除总理职务，他邀请督军团团长张勋入京调停纷争。

　　而同时，伍廷芳代理段之后的总理职务。黎元洪提出由王士珍和徐世昌组阁，但是二人都不肯来。黎元洪于是提议李经羲，国会表决顺利通过，但是李经羲却因为畏惧北洋军阀势力而不敢就任和组阁。一时之间，国务纷乱，为张勋复辟创造了条件。