第二次段祺瑞内阁成立于民国6年(1917年)7月17日，结束于同年11月22日。
张勋复辟被段祺瑞的讨逆军击败之后，段祺瑞重新出任国务总理;而黎元洪大总统则通电不复任大总统，由副总统冯国璋代理大总统职务。
此时西南各省对于段祺瑞已经十分不满，段祺瑞主张“武力统一”中国，对湖南(护法军政府)和四川(西南军阀)积极用兵，也乘机扩大皖系的势力。而冯国璋则主张“和平统一”。两人对此的分歧越来越大，出现“第二次府院之争”。
段祺瑞的出兵在川、湘都遭遇失败，而冯国璋又暗中联合各地军阀对抗段祺瑞，直系的曹锟、李纯、王占元、陈光远四名督军在湖南战事吃紧之时突然通电主和，段祺瑞不得不在10月19日辞去陆军总长职务，由王士珍继任;11月22日更是辞去国务总理，由外交总长汪大燮代理。
