日本在日中战争期间先后成立冀东防共自治政府、蒙古军政府、中华民国临时政府、中华民国维新政府、察南自治政府、晋北自治政府、蒙古联盟自治政府等政权。而南京政权的领导人汪精卫原是中国国民党成立初期的主要人物，拥有一定的影响力。

　　1940年3月，汪精卫离开重庆政府并与日本方面寻求合作，在南京建立政府，称为南京“国民政府”，名义上接管了原“中华民国维新政府”、“中华民国临时政府”和“蒙疆联合自治政府”等辖地，但是“临时政府”改组后的华北政务委员会与蒙疆联合自治政府仍保持一定的独立性。1940年3月30日，南京举行国民政府还都仪式，发表《和平建国十大政纲》。日本政府对南京国民政府发表宣言：“决定给予全力协助和支援。”

　　直到汪精卫与日本合作后，于南京成立国民政府，由“中华民国临时政府”改制的“华北政务委员会”，撤销中华民国维新政府，以及由蒙古联盟自治政府合并察南自治政府及晋北自治政府而成立的蒙疆联合委员会进行统合。成立之初，南京国民政府仍奉重庆的林森为国民政府主席，汪精卫本人作“代主席”，兼领行政院长及中国国民党总裁，同时有五院院长设置及中国国民党各级党部，恢复战前一切体制。

　　以汪精卫为首的南京国民政府推动和平运动，继续采用青天白日满地红旗、青天白日国徽和《中华民国国歌》作为国旗、国徽和国歌，1943年2月5日之前在原青天白日满地红旗的基础上附加有“和平反共建国”六字的黄底黑字三角旗，1943年2月5日开始则完全采用未经修改的青天白日满地红旗作为旗帜。

 汪精卫伪国民政府国旗

　　除日本和满洲国最早承认南京国民政府合法性外，承认该政府并建立外交关系的国家及政府还有德国、意大利、匈牙利、罗马尼亚、丹麦、西班牙、克罗地亚、斯洛伐克、保加利亚及维希法国政府等轴心国及其被保护国。

　　南京国民政府收回了部分日租界。如：1943年3月与日本签约收回苏州、杭州、天津等八市(福州、沙市等地的日租界其实并未真正设立)的日本租界，7月收回上海法租界，8月收回上海公共租界。10月，宣布废除不平等的《中日基本条约》。汪精卫在日本的支持下成为国民政府主席兼行政院院长，1943年1月9日对盟军宣战。

　　1944年11月10日，汪精卫于名古屋帝国大学医院去世，11月12日，南京“中央政治委员会”召开紧急会议，决定陈公博为行政院院长、代理国民政府主席，兼任军事委员会委员长，并于11月20日正式就职。陈公博就职时称将坚持奉行汪精卫手订之政策，无论战争如何推移，时局如何迫切，都不会动摇。周佛海继陈公博之后，于1945年1月就任上海市长。

　　1945年8月15日，日本宣布无条件投降。8月16日下午4时，陈公博、周佛海在南京召开中央政治委员会临时会议，宣布取消国民政府及其所有机构，成立南京临时政务委员会和治安委员会，陈公博自任两委员会委员长，周佛海任两委员会副委员长;南京国民政府存在五年零四个半月，最后终结。