1937年七七事变后,中国抗日战争全面爆发。随着日军步步逼近南京,国府亦将重要人力设施向西南迁移,使西南成为大后方。该年11月17日,国民政府迁至武汉,11月21日正式迁至重庆办公。12月1日,国民政府在重庆开始办公。
1939年9月6日,国民政府明令定重庆为陪都。1940年,原属国民党的前行政院院长汪精卫受日军扶植,于南京又另组一“国民政府”,并在上海发表《和平建国宣言》,然而美国、法国等国均拒绝承认该政权;直到汪精卫逝世后,代主席陈公博于1945年日本投降后宣布解散。
1943年8月,林森在重庆因车祸逝世。同年9月,蒋中正被推选为国民政府主席兼陆海空军大元帅,并兼国民政府军事委员会委员长和行政院院长。