国民政府最先成立于广州，日后随着北伐的推进而迁都，最终定都于南京，但在抗日战争期间驻于战时行都重庆，战后还都南京并直至行宪民选政府成立后。

　　袁世凯逝世后，各地军阀割据，南方各行省逐渐脱离北洋政府。1918年7月，云南和两广人士退出国会，在广州开设了“非常(时期)国会”，成立了广州军政府，形成南北对峙的一国两府局面。1923年孙中山在驱逐陈炯明之后及苏联的支持下，成立了陆海军大元帅大本营。

　　1924年12月，孙中山应冯玉祥之请，离开广东北上，与段祺瑞筹开国民会议。1925年3月12日，孙中山逝世于北京，蒋介石在军中发表《哀告全体将士书》，回广州祭奠，并整理校务，旋返军次，就潮汕善后督办职。5月23日，中国国民党第一届中央执行委员会第三次全体会议发布时局宣言，谓北京政府(当时段祺瑞为临时执政，北京政府的代理国家元首)不顾民众利益，勾结帝国主义，决不与合作。6月14日，中国国民党中央执行委员会政治委员会第十四次会议决议改组大元帅府为国民政府，并于7月1日公布国民政府组织法，国民政府遂于同日在广州宣告成立。

民国十四年（1925年）七月二日《广州民国日报》刊出《国民政府成立典礼盛况》。

　　6月28日，中国国民党中央政治委员会通过《国民政府及省政府组织大纲》。国民政府最高决策机关为国民政府委员会，该委员会采取合议委员制，汪兆铭、胡汉民、戴传贤、于右任、徐谦、张继、谭延闿、许崇智、林森、廖仲恺、伍朝枢、古应芬、朱培德、孙科、程潜十六人为委员，以汪兆铭为主席。聘任鲍罗廷为高等顾问。除此以外，并设置国民政府军事委员会，以蒋中正、汪兆铭、谭延闿为常务委员，汪兆铭为兼任主席。中国国民党中央委员会同时通过将广东所有建国军和党军，一律改称为国民革命军。国民政府计划国民革命军北伐。

　　1926年10月，国民革命军占领武汉三镇。11月8日，中国国民党中央政治会议决定迁移中央党部和国民政府到武汉。12月5日，中国国民党中央正式宣布中央党部和政府停止在广州办公，各机关工作人员分批前往武汉。在广州国民政府停止办公至完成北迁武汉的此段期间，以“中国国民党中央执行委员与国民政府委员临时联席会议”作为临时领导机构，徐谦为联席会议主席。12月10日，国民政府自广州迁至武汉。中国共产党份子鼓动反动派，对蒋大肆攻击，称为“新军阀”，高倡提高党权，并散发传单，促汪兆铭出主党政，蒋在南昌发布告黄埔同学书，阐明革命立场，力主党内团结。